Mikroorganisme atau mikroba adalah organisme yang berukuran sangat kecil sehingga untuk mengamatinya diperlukan alat bantuan. Mikroorganisme disebut juga organisme mikroskopik. Mikroorganisme dapat menjadi bahan pangan ataupun mengubah bahan pangan menjadi bentuk lain. Proses pengolahan bahan pangan  yang dibantu oleh mikroorganisme adalah proses fermentasi, seperti dalam pembuatan tempe, keju, yoghurt, dan lain-lain. Berikut ini berbagai jenis Mikroorganisme yng di gunakan dalam proses pembuatan berbagai jenis bahan pangan
Mikroorganisme yang bermanfaat dalam pengolahan pangan antara lain:

1. Produk olahan Susu
  • Pembuatan Yoghurt,
    Mikroorganisme: Bakteri Lactobacillus bulgaricus & Streptococcus termophillus
  • Pembuatan Mentega
    Mikroorganisme: bakteri Streptococcus lactis
  • Pembuatan keju
    Mikroorganisme: jamur Panicillium requiforti, bekteri Propioni bacterium (keju swiss)
2. Produk olahan kedelai
  • Pembuatan tempe
    Jamur: Rhizopus oligosporus, Rhizopus stoloniferus, Rhizopus oryzae
  • Pembuatan Kecap
    Jamur: Aspergillus oryzae
3.Produk olahan kacang tanah
  • Pembuatan oncom
    Jamur:Neurospora sitophyla
4. Produk olahan beras / beras ketan
  • Pembuatan tape ketan/tape nasi
    Jamur: Saccharomyces cereviseae, Endomycopsis fibulegera
5. Produk olahan Singkong
  • Pembuatan tape singkong
    Jamur: Saccharomyces elipsoides, Endomycopsis fibulegera
6. Produk olahan lain:

  • Pembuatan nata de coco
    Bakteri: Acetobacter xylinum
  • Pembuatan Roti
    Jamur: Saccharomyces elipsoides
  • Pembuatan asina Kubis
    Bakteri: Enterobacter sp.
  • Pembuatan minuman beralkohol (bahan: padi-padian & umbi-umbian)
    Jamur: Saccharomyces cereviseae dan Saccharomyces caelsbergensis
  • Pembuatan Protein sel tunggal
    Mikroorganisme: Alga bersel satu Spirulina & Chlorella